5. Fytopatologická laboratoř musí být oddělena od prostor vymezených pro stanovení klíčivosti z důvodu nežádoucí kontaminace lůžek škodlivými organismy (plísně, bakterie). Vlastní fytopatologická laboratoř pak tvoří minimálně dva oddělené prostory:
Oba prostory musí být vybaveny zařízením ke sterilizaci vzduchu (germicidní lampa)

a) sterilní prostor pro sterilizaci Petriho misek, přípravu živných půd a nasazování semen na kultivační média.

b) prostor s termostaty určený pro kultivaci a posuzování škodlivých organismů, pro likvidaci médií a mytí laboratorního skla.