225. Z důvodové zprávy (s. 34) dále plyne, že při zvažování konkrétní podoby legislativního řešení byla zvažována varianta pouze naturální restituce, a to na základě zákona č. 229/1991 Sb. Tato varianta byla s ohledem na zcela nevyhovující důsledky pro úpravu vztahů státu a církví zavržena: naturální restituce by se v podstatě týkala pouze římskokatolické církve (98 % majetku). Ostatní církve a náboženské společnosti by tímto procesem takřka žádný majetek nezískaly a zůstaly by nadále závislé na financování ze státního rozpočtu. Náhrady za nevydávané pozemky by se poskytovaly podle cen platných v době přijetí zákona; současná realita však cenám z roku 1991 naprosto neodpovídá. Nečinnost zákonodárce trvající po dobu 20 let nelze přičítat k tíži oprávněných subjektů. Podle zákona č. 229/1991 Sb. jsou povinnými osobami kromě státu rovněž obce a další subjekty, což s naznačeným časovým odstupem může založit nové majetkové křivdy a řadu soudních sporů.