56. Vláda zevrubně oponuje námitkám navrhovatele i argumentům ostatních vedlejších účastníků, přičemž její argumentaci lze stručně shrnout zejména do těchto tvrzení:
(i) V napadeném zákoně nelze dle vlády spatřovat diskriminaci ostatních (necírkevních) právnických osob, když Ústavní soud ve své judikatuře akcentuje skutečnost, že princip restitučního zákonodárství je založen na východisku, že na příslušný majetek není možné uplatnit nárok podle obecných předpisů, ale toliko předpisů restitučních, přičemž otázka míry rozsahu, dokonalosti či úplnosti restitucí je svěřena výlučně zákonodárci, a nikoliv Ústavnímu soudu [stanovisko pléna Ústavního soudu sp. zn. Pl. ÚS-st 21/05 ze dne 1. 11. 2005 (ST 21/39 SbNU 493; 477/2005 Sb.) a nález Ústavního soudu sp. zn. II. ÚS 14/04 ze dne 25. 1. 2006 (N 22/40 SbNU 169)]. V této souvislosti poukázala rovněž na to, že Ústavní soud shledal ve vztahu k nenaplnění § 29 zákona č. 229/1991 Sb., o úpravě vlastnických vztahů k půdě a jinému zemědělskému majetku, (dále též jen „zákon o půdě“) protiústavní stav nikoli s odkazem na rovnost mezi dřívějšími restituenty a církevními subjekty, nýbrž s odkazem na jiná ustanovení ústavního pořádku, a sám vyzdvihl odlišnost církevních subjektů od jiných fyzických a právnických osob, odkazujíc zde na nález Ústavního soudu sp. zn. Pl. ÚS 9/07 ze dne 1. 7. 2010 (N 132/58 SbNU 3; 242/2010 Sb.).
(ii) Jako na neopodstatněnou pohlíží vláda na výhradu, že by ustanovení § 11 zákona o vyrovnání s církvemi zavádělo principy a povinnosti, které se u jiných restitučních zákonů neaplikovaly, a tvrdí, že jde o principy (např. součinnost orgánů veřejné moci při poskytování výpisů z evidencí apod.), které vzešly z „restituční“ judikatury Ústavního soudu, a které tudíž přirozeně na počátku 90. let neexistovaly; nyní však zákon nemohl tyto judikaturní požadavky ignorovat, a proto musely být do zákona zapracovány.
(iii) Vláda dále polemizuje s námitkou, že dohoda státu s církvemi nezohledňuje dosavadní platby státu na církve, přičemž konstatuje, že takový požadavek zápočtů jednak jde proti smyslu zmírnění majetkových křivd, jednak postrádá právní podklad. V této spojitosti na příkladech problematiky tzv. hospodářského zabezpečení církví, jakož i institutu tzv. státního souhlasu dle zákona č. 218/1949 Sb., o hospodářském zabezpečení církví a náboženských společností státem, ve znění pozdějších předpisů, demonstruje neudržitelnost dané námitky, a to i ve vazbě na zákaz zpětné účinnosti zákona v neprospěch jeho adresátů.
(iv) Vláda odmítá tezi navrhovatelů a ostatních vedlejších účastníků stran údajného porušení principu světského charakteru státu dle čl. 2 odst. 1 Listiny, konstatujíc, že z uzavřených smluv vázanost na náboženské vyznání neplyne, přičemž předmětné ustanovení Listiny nelze vykládat jako paušální zákaz existence jakýchkoli vztahů mezi státem a církvemi.
(v) Lichou je dle názoru vlády též výhrada navrhovatelů a ostatních vedlejších účastníků, že ustanovení § 18 odst. 1 zákona o vyrovnání s církvemi ohrožuje vlastnické právo jiných osob, které nabyly majetek státu v dobré víře a kterým není v této situaci žádná ochrana poskytována, když důvodová zpráva výslovně uvádí, že ustanovení § 134 občanského zákoníku o vydržení není tímto napadeným ustanovením nijak dotčeno, přičemž odkázala na judikaturu Ústavního soudu týkající se dobré víry v případě nabytí nemovitosti od nevlastníka.
(vi) Zákon o vyrovnání s církvemi dle vlády neprolamuje hranici února 1948, když sám v ustanovení § 1 definuje rozhodné období časovým obdobím 25. 2. 1948 až 1. 1. 1990. Pokud jde o postavení Náboženské matice, to se postupem doby podstatným způsobem měnilo, přičemž nynější Náboženskou matici nelze srovnávat s institucí zřízenou na konci 18. století, a její činnost po roce 1948 sotva lze označit za výsledek reforem císaře Josefa II., které by dle navrhovatelů měl napadený zákon rušit. Ve výčtu právních důvodů majetkových křivd nejsou zahrnuty ani předpisy vydané Josefem II. ani předpisy z období tzv. první republiky. Nadto je v zákoně výslovně uvedeno, že se nevydávají věci konfiskované na základě dekretů prezidenta republiky. Zákon č. 142/1947 Sb., o revizi první pozemkové reformy, byl sice přijat 11. 7. 1947, avšak realizován byl až po 25. 2. 1948, když k prvnímu vyvlastnění dle tohoto zákona a na jeho základě vydaného prováděcího předpisu mohlo dojít až 1. 3. 1948, s tím, že pro přechod vlastnictví na stát bylo rozhodné až datum, kdy stát pozemky skutečně převzal, což je princip shodný s tím, který byl uplatněn v zákoně o půdě (§ 32 odst. 2).
(vii) Vláda nesouhlasí ani s námitkou diskriminace ostatních restituentů (necírkevních právnických osob) v otázce zdanění, neboť tato námitka se sama ocitá v rozporu s jinou námitkou navrhovatelů, a to s jejich tvrzením, že tito ostatní restituenti byli diskriminováni, jelikož sami nemohli restituovat. Nemohli-li tedy restituovat, pak ovšem ani nemohli být od takové daně osvobozeni, resp. tím, že nerestituovali, nemůže být jejich neosvobození od daně vnímáno jako diskriminační. Základní překážkou pro reálné zařazení ostatních právnických osob do okruhu oprávněných osob vždy byl a je fakt jejich zániku bez právního nástupce po roce 1948, a to na rozdíl od osob fyzických.
(viii) Námitka diskriminace paušálních náhrad za nevydávaný majetek je nepřípadná, protože tento institut jednak nastupuje subsidiárně teprve poté, nelze-li přistoupit k naturální restituci, jednak se tento základní způsob restituce nikterak neliší od toho modelu, který byl zvolen v zákoně č. 87/1991 Sb., o mimosoudních rehabilitacích, ve znění pozdějších předpisů. Dále je třeba hledět na judikaturní rozměr náhrad, jejichž výše a způsob výpočtu jsou odvislé od závěrů, k nimž v minulosti dospěl Ústavní soud. V této souvislosti vláda obsáhle vysvětluje, proč bylo třeba úvahy o kompenzaci majetkového nároku odvíjet od hodnot aktuálních v době přijetí legislativního řešení restitucí.
(ix) Námitka, že byl-li právnickým osobám vydáván majetek, docházelo k tomu na základě výčtového zákona, přičemž nyní tomu tak diskriminačně není, neobstojí, poněvadž tyto výčtové předpisy byly vydány ještě před judikaturou Ústavního soudu vyžadující obecnost právního předpisu, a proto by přijetí výčtového zákona v dnešní době mohlo vést k nikoli nepravděpodobnému zpochybnění ústavní konformity takového řešení, pokud zákon by byl shledán zákonem jen co do své formy, ale již ne co do svého obsahu.
(x) Nelze souhlasit s námitkou, že církevní právnické osoby jsou jedinými právnickými osobami, u kterých dochází ke změně charakteru vlastnictví oproti období před jeho přechodem na stát, neboť tak tomu bylo v různé míře v případě všech restitucí po roce 1990.
(xi) Nelze souhlasit s tím, že před přijetím napadeného zákona neexistovala žádná povinnost cokoliv církevním právnickým osobám restituovat či se s nimi jinak vypořádávat, když takový závazek vyplynul mj. i z konstantní a postupně ve prospěch církevních subjektů gradující judikatury Ústavního soudu konstruující legitimní očekávání těchto osob, na což je třeba poukázat. Odkazy na judikaturu Evropského soudu pro lidská práva nejsou relevantní, protože se uvedené povinnosti zákonodárce vůbec netýkají.
(xii) Sám Vatikán, či přesněji Svatý stolec, ničeho z restitucí neobdrží, jelikož vlastníky se stanou konkrétní církevní subjekty - farnosti, řády a charity, nikoli však Církev římskokatolická, která jako právnická osoba v minulosti nic nevlastnila, krom toho okruh oprávněných osob tvoří celkem 17 církví, z nichž katolickou církev reprezentují toliko Církev římskokatolická a Církev řeckokatolická, jiné církve nemají na Vatikán žádné vazby.
(xiii) Účelem sedmnáctiletého přechodného období, po které bude dotčeným církvím poskytován příspěvek na podporu jejich činnosti, je minimalizace následků radikální změny uspořádání vztahů mezi státem a církvemi a náboženskými společnostmi tak, že stávající závislost je odbourávána postupně, a proto je příspěvek koncipován jako degresivní, neboť bez tohoto přechodného období by došlo k výraznému a negativnímu útlumu činnosti církví a náboženských společností, zejména okamžité redukci počtu duchovních.