89. Zrušení zákona podle čl. 87 odst. 1 písm. a) Ústavy zásadně nevyvolává zpětné účinky, a pokud derogační výrok není spojen s odkladem vykonatelnosti, působí s účinky ex nunc. K pozbytí platnosti zrušeného zákonného ustanovení tak dochází až k datu vykonatelnosti nálezu. Zrušení protiústavní zákonné úpravy samo o sobě neznamená revizi individuálních právních aktů založených na její aplikaci. Proto také podle ustanovení § 71 odst. 4 zákona o Ústavním soudu platí, že „práva a povinnosti z právních vztahů vzniklých před zrušením právního předpisu zůstávají nedotčena“. Na druhé straně nelze přehlédnout, že jestliže Ústavní soud ve svém nálezu konstatuje, že zákon nebo jiný právní předpis je v rozporu s ústavním pořádkem, pak tento rozpor byl dán i po dosavadní dobu jeho účinnosti. Zejména v případech, kdy je derogačním důvodem zjištění, že aplikace zrušeného právního předpisu působí porušení základních práv jednotlivců, je proto přirozeným důsledkem, že se dotčeným jednotlivcům poskytne ochrana jejich základních práv a svobod právě tím, že se předmětný právní předpis v rozsahu, na který dopadá derogační důvod vyslovený v nálezu Ústavního soudu, zpětně neaplikuje. Poskytnutí této ochrany je nakonec, jak bude potvrzeno i níže, hlavní smysl oprávnění soudu podle čl. 95 odst. 2 Ústavy (s přihlédnutím k čl. 4 Ústavy). Platí to však pouze za předpokladu, že poskytnutí této ochrany nebrání jiné základní právo nebo důležitý veřejný zájem, jemuž je v případě vzájemné kolize třeba dát přednost. Jestliže by například v právních vztazích mezi jednotlivci znamenalo zpětné neaplikování protiústavního zákona sice ochranu základních práv jednoho účastníka tohoto právního vztahu, avšak současně negativní zásah do základních práv jiného účastníka, jenž v minulosti jednal v důvěře v zákon, byl by takovýto následek derogace s ohledem na princip právní jistoty zásadně (s výjimkou některých extrémních případů zásahů do základních práv) vyloučen. Naopak v případě vertikálních právních vztahů mezi státem a jednotlivcem má zásadně přednost ochrana základních práv a svobod jednotlivce. I zde je ovšem třeba brát zřetel na to, že zpětné neaplikování protiústavního zákona by mohlo za určitých okolností vést k ohrožení schopnosti státu plnit své funkce (např. s ohledem na dopad na státní rozpočet) či k ohrožení jiného důležitého veřejného zájmu, v důsledku čehož bude naopak třeba dát přednost právě právní jistotě a zachování současného stavu [blíže k výše uvedenému výkladu např. nález sp. zn. Pl. ÚS 38/06 ze dne 6. února 2007 (N 23/44 SbNU 279; 84/2007 Sb.) ve znění opravného usnesení sp. zn. Pl. ÚS 38/06 ze dne 3. dubna 2007; nález sp. zn. IV. ÚS 1777/07 ze dne 18. prosince 2007 (N 228/47 SbNU 983); nález sp. zn. Pl. ÚS 16/09 ze dne 19. ledna 2010 (N 8/56 SbNU 69; 48/2010 Sb.); nález sp. zn. Pl. ÚS 15/09 ze dne 8. července 2010 (N 139/58 SbNU 141; 244/2010 Sb.), bod 53; nález sp. zn. IV. ÚS 1572/11 ze dne 6. března 2012 (N 45/64 SbNU 551), body 25 až 28; nález sp. zn. III. ÚS 3489/12 ze dne 23. května 2013 (dostupný na http://nalus.usoud.cz), body 12 a 13].