49. Ústavní soud se zabýval rovněž otázkou, zda by zrušení uzavírací klauzule v zákoně o evropských volbách při jejím zachování pro volby do vnitrostátních zastupitelských sborů nedošlo k porušení zásady rovnocennosti coby principu průřezově aplikovatelného na celý institucionální rámec, zajišťující vnitrostátní uplatňování unijního práva (blíže k tomu viz např. Bobek, M., Bříza, P., Komárek, J. Vnitrostátní aplikace práva Evropské unie. Praha: C. H. Beck, 2011, zejména str. 229 a násl.). Podle tohoto principu právo členského státu nesmí stanovit pro uplatňování norem unijního práva diskriminační lhůty, procesy či podmínky ve srovnání se lhůtami, procesy a podmínkami pro realizaci norem vnitrostátních. K tomu Ústavní soud konstatuje, že uzavírací klauzule je institut, který sehrává u jednotlivých voleb různý význam. Vždy však tento zásah do rovnosti volebního práva musí být dostatečně obhájen konkrétním veřejným zájmem či hodnotou, jež jsou způsobilé vzniklou disproporci přesvědčivě odůvodnit. Ústavní soud ale postrádá plnou srovnatelnost obou situací, neboť - na rozdíl od voleb do Evropského parlamentu - unijní právo vůbec nezaručuje občanům jiných členských států, kteří jsou v České republice rezidenty, přístup k volbám do Parlamentu České republiky, přestože ten se na uplatňování (legislativní implementaci) unijního práva podílí ve významné míře. Případné zrušení uzavírací klauzule v zákoně o evropských volbách by proto z povahy věci z tohoto hlediska neznamenalo porušení zásady rovného zacházení.