39. Podmínky čerpání přidělené dotace jsou stanoveny buď v rozhodnutí o přidělení dotace, nebo ve smlouvě o poskytnutí dotace, přesněji řečeno v dokumentech, na které tyto právní tituly poskytnutí dotace odkazují. Pravidelně se jedná o celou řadu příruček, podmínek a metodik, které musejí příjemci dotace při jejím čerpání dodržovat, kontroly jejich dodržování jsou prováděny na základě zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě a o změně některých zákonů (zákon o finanční kontrole), ve znění pozdějších předpisů, (dále jen „zákon o finanční kontrole“). V § 13a zákona o finanční kontrole jsou stanovena zvláštní procesní pravidla pro výkon auditu podle přímo použitelných předpisů Evropské unie. Součástí zprávy o auditu je identifikace zjištěných nedostatků. Tyto nedostatky mohou mít povahu tzv. nesrovnalostí, které mohou mít podle práva Evropské unie (nařízení Rady č. 1083/2006 o obecných ustanoveních o Evropském fondu pro regionální rozvoj, Evropském sociálním fondu a Fondu soudržnosti) dopad na konečný objem poskytnutých finančních prostředků. Pokud poskytovatel dotace na základě provedeného auditu nazná, že došlo při naplňování činností financovaných příslušnou dotací k porušení pravidel pro zadávání veřejných zakázek, může dle § 14e zákona o rozpočtových pravidlech pozastavit výplatu dotace (resp. nemusí vyplatit část dotace) a v návaznosti na to informuje příslušný finanční úřad o svých zjištěních. Finanční úřad v souladu s § 85 a násl. zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění pozdějších předpisů, zahájí u příjemce dotace daňovou kontrolu, jejímž výsledkem je buď konstatace porušení rozpočtových pravidel a případné následné vyměřovací řízení a uložení sankce, nebo daňová kontrola finančního úřadu závady a nedostatky ve spojitosti s veřejnou zakázkou, potažmo porušení rozpočtových pravidel neshledá, a poté finanční úřad již další kroky nečiní. Finanční úřad může toliko v důsledku zjištění v rámci daňové kontroly učinit sankční opatření, a to vydat platební výměr ukládající příjemci dotace provést odvod za porušení rozpočtové kázně, pokud zjistí pochybení. Pokud pochybení nezjistí, nemá zákonem stanovenou pravomoc k žádnému dalšímu postupu, tedy dokonce ani nevydává žádné rozhodnutí. Podústavní právo nikterak neupravuje situaci, kdy finanční úřad dospěje k závěru, že se o porušení rozpočtové kázně nejedná, a poskytovatel dotace s tímto názorem nesouhlasí (kritika právní úpravy, která nestanoví dostatečné procesní rámce pro popsané situace, např. v článku Moravec, O. Krácení dotace v judikatuře Nejvyššího správního soudu - polojasno?, dostupném pod č. 95155 na www.epravo.cz).