13. Veřejná ochránkyně práv Mgr. Anna Šabatová, Ph.D., rovněž vyjádřila nesouhlas s návrhem Nejvyššího správního soudu. Ve svém vyjádření ze dne 22. října 2014 uvedla, že daňový řád dává daňovým subjektům s účinností od 1. ledna 2011 podstatně větší právní jistotu již jen tím, že taxativně vymezuje skutečnosti vedoucí k prodloužení lhůty a jejímu přerušení, jakož i okolnosti, za nichž lhůta neběží. Považuje proto za sporné tvrdit, že nový daňový řád svým nepravě retroaktivním přechodným ustanovením zasáhl do právní jistoty, legitimního očekávání a ochrany důvěry v právo. K tomu by naopak mohlo dojít právě zrušením napadeného ustanovení. Ve zbytku svého vyjádření upozorňuje, že vyhověním návrhu by vyvstala potřeba výkladu aplikace prekluzivní lhůty podle zákona o správě daní a poplatků v „nových podmínkách“. U daňových povinností, u nichž začala běžet lhůta pro stanovení daně za účinnosti zákona o správě daní a poplatků, by v takovém případě pravděpodobně nebylo možné aplikovat § 55b odst. 2 tohoto zákona, podle něhož může být přezkoumání daňového rozhodnutí zahájeno nejpozději do dvou let následujících po roce, v němž nabylo přezkoumávané rozhodnutí právní moci. Daňový řád totiž váže možnost přezkoumání rozhodnutí na běh lhůty pro stanovení daně. Následkem by tak byla buď nepřezkoumatelnost některých rozhodnutí, nebo naopak úplné otevření přezkumu až do uplynutí původní mezní lhůty pro vyměření daně. Ustanovení § 264 odst. 3 daňového řádu by ve vztahu k této lhůtě nebylo aplikovatelné.