49. Navrhovatel ve své replice k vyjádření účastníků řízení a vedlejších účastníků řízení zejména uvedl, že se téměř ve všem shoduje s názorem veřejné ochránkyně práv k projednávané věci. Naopak s argumentací a tvrzením vlády se neshoduje a k tomu uvádí, že plošné státem doporučené a hrazené očkování je sice v souladu s doporučeními Světové zdravotnické organizace, ta ovšem nedoporučuje povinné očkování. Dále uvádí, že dostatečná proočkovanost, a tedy i kolektivní imunita, je zajištěna jak v systému povinného očkování, tak i v systému dobrovolného státem hrazeného očkování. I když je v zemích s dobrovolným individuálním očkovacím přístupem proočkovanost o něco nižší, je stále velmi vysoká. Vláda není podle navrhovatele schopna zajistit základní předpoklady, aby alespoň nařizování povinného očkování bylo legitimní, tedy aby jeho medicínskou nutnost podložila důvěryhodnými studiemi a aby orgán, který politiku očkování tvoří, byl důvěryhodný, vyvážený, bez střetů zájmů a jednal v zájmu dětí.