46. V souladu s tím čl. 97 odst. 1 Ústavy stanoví, že Nejvyšší kontrolní úřad je nezávislý orgán. Nejvyššímu kontrolnímu úřadu je tímto ústavně garantována nezávislost jak na moci zákonodárné (Parlamentu), tak i na moci výkonné (vládě a ostatních vykonavatelích exekutivy) tak, aby byly eliminovány politické vlivy na jeho činnost [nález Ústavního soudu ze dne 25. 1. 2011 sp. zn. Pl. ÚS 15/10 (N 6/60 SbNU 51; 39/2011 Sb.)]. Nejvyšší kontrolní úřad tak plní svoji funkci samostatně, aniž by existoval orgán, který by vůči Nejvyššímu kontrolnímu úřadu měl oprávnění nadřízeného udělovat závazné pokyny (Pouperová, O. in Kontrolní mechanismy fungování veřejné správy. Olomouc: Periplum, 2009, s. 199).