51. Nejvyšší kontrolní úřad případně zjištěná pochybení při nakládání s veřejnými prostředky „pouze“ konstatuje, není však oprávněn jejich nápravu veřejně mocensky nařídit či za taková pochybení ukládat sankce. Výsledkem kontrolní činnosti Nejvyššího kontrolního úřadu jsou kontrolní závěry, kterými se neukládají žádné povinnosti, ale mají povahu signalizační, resp. upozorňující a doporučující či případně jen informativní. Kontrolní závěry Nejvyššího kontrolního úřadu mohou být následně použity jako podklady pro rozhodovací činnost jiného orgánu veřejné moci jako jeden z důkazních prostředků (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 5. 6. 2008 sp. zn. 9 Aps 3/2008), nicméně Nejvyšší kontrolní úřad nemá oprávnění takové řízení na základě svého úkonu (v návaznosti na provedenou kontrolu) zahájit. Jak konstatoval Ústavní soud ve svém usnesení ze dne 16. 1. 2001 sp. zn. II. ÚS 451/2000 (dostupné na http://nalus.usoud.cz), Nejvyšší kontrolní úřad „nedisponuje exekutivními, příp. soudními pravomocemi; plní pouze funkci kontrolní s tím, že je oprávněn a povinen výsledky provedených kontrol zveřejnit, a tak upozornit příslušné orgány státní moci na nedostatky zjištěné při kontrole. Nemá však oprávnění ukládat sankce (odhlédnuto od sankcí za porušení procesních předpisů) nebo opatření k odstranění nedostatků. Závěry NKÚ se stávají toliko podnětem, případně podkladem pro další postup orgánů státní moci.“