14. V § 56 se za odstavec 5 vkládá nový odstavec 6, který zní:
„(6) Zjistí-li se až po zahájení územního řízení, územního řízení s posouzením vlivů na životní prostředí, společného územního a stavebního řízení, společného územního a stavebního řízení s posouzením vlivů na životní prostředí nebo stavebního řízení, že stavebním záměrem povolovaným v tomto řízení budou dotčeny ochranné podmínky zvláště chráněného druhu rostliny nebo živočicha stanovené v § 49 nebo 50, a tato skutečnost nebyla před zahájením tohoto řízení známa, lze rozhodnutí v tomto řízení vydat pouze na základě závazného stanoviska orgánu ochrany přírody příslušného k povolení výjimky ze zákazů u zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů, v němž orgán ochrany přírody posoudí splnění podmínek pro povolení výjimky uvedených v odstavcích 1 a 2 a může stanovit případné další podmínky povolení výjimky podle odstavce 3. Povolení výjimky ze zákazů u zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů včetně stanovení dalších podmínek podle odstavce 3 je součástí výrokové části rozhodnutí vydávaného v územním řízení, v územním řízení s posouzením vlivů na životní prostředí, ve společném územním a stavebním řízení, ve společném územním a stavebním řízení s posouzením vlivů na životní prostředí nebo ve stavebním řízení.“.
Dosavadní odstavec 6 se označuje jako odstavec 7.