1. V § 9 odst. 5 se na konci textu věty první doplňují slova „, nebo které bude povolovat ve společném územním a stavebním řízení podle zvláštního zákona⁴) jiný správní orgán než vodoprávní úřad“.

2. V § 9 se doplňuje odstavec 10, který zní:
„(10) Povolení k nakládání s vodami vydané jako podklad pro společné územní a stavební řízení podle zvláštního zákona⁴) pozbývá platnosti, jestliže do 3 let ode dne, kdy nabylo právní moci, nenabude právní moci společné povolení, kterým se stavba umisťuje a povoluje podle zvláštního zákona⁴).“.

3. V § 15 odstavec 3 zní:
„(3) Vodoprávní úřad ve stavebním povolení stanoví povinnosti, popřípadě podmínky, za kterých je vydává, a účel, kterému má vodní dílo sloužit. Vodoprávní úřad může ve stavebním povolení uložit předložení provozního řádu vodního díla nejpozději spolu s žádostí o vydání kolaudačního souhlasu.“.

4. V § 15 se za odstavec 3 vkládá nový odstavec 4, který zní:
„(4) Spolu s žádostí o vydání kolaudačního souhlasu ke stavbám vodovodních řadů, vodárenských objektů, úpraven vody, kanalizačních stok včetně kanalizačních objektů nebo čistíren odpadních vod, které jsou součástí vodovodů nebo kanalizací pro veřejnou potřebu⁵³), předloží žadatel povolení k jejich provozování⁵⁴).“.
Dosavadní odstavce 4 až 10 se označují jako odstavce 5 až 11.

5. V § 15 se za odstavec 5 vkládá nový odstavec 6, který zní:
„(6) Vodní dílo lze povolit ve společném územním a stavebním řízení podle zvláštního zákona⁴), nestanoví-li tento zákon jinak.“.
Dosavadní odstavce 6 až 11 se označují jako odstavce 7 až 12.

6. V § 108 se doplňuje odstavec 6, který včetně poznámky pod čarou č. 55 zní:
„(6) Ministerstvo zemědělství a Ministerstvo životního prostředí jsou dotčenými orgány při posuzování zralosti projektů společného zájmu energetické infrastruktury a uplatňují závazné stanovisko ve společném územním a stavebním řízení pro stavby projektů společného zájmu energetické infrastruktury⁵⁵) z hlediska působnosti všech vodoprávních úřadů s výjimkou působnosti podle odstavců 4 a 5.
⁵⁵) Nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) č. 347/2013 ze dne 17. dubna 2013, kterým se stanoví hlavní směry pro transevropské energetické sítě a kterým se zrušuje rozhodnutí č. 1364/2006/ES a mění nařízení (ES) č. 713/2009, (ES) č. 714/2009 a (ES) č. 715/2009.“.

7. V § 115 odst. 2 se za slova „o rozhodnutí,“ vkládají slova „závazné stanovisko vydané v rámci společného územního a stavebního řízení⁴),“.

8. V § 115 odst. 2 se slova „nebo oznámení užívání“ zrušují.

9. V § 115 odst. 2 se za slovo „povahy,“ vkládají slova „závazných stanovisek pro účely společného územního a stavebního řízení⁴),“.

10. V § 119 odst. 4 písm. h) se slova „odst. 5“ nahrazují slovy „odst. 3“.

11. V § 125d odst. 4 písm. h) se slova „odst. 5“ nahrazují slovy „odst. 3“.

12. V § 126 se na konci odstavce 5 doplňuje věta „Vydání rozhodnutí podle § 17 odst. 1 se nenahrazuje postupem v řízení o vydání integrovaného povolení podle zákona o integrované prevenci, pokud se integrované povolení na základě žádosti provozovatele zařízení vydává po vydání stavebního povolení nebo společného povolení, kterým se stavba umisťuje a povoluje, podle zvláštního zákona⁴).“.

13. V § 126 se doplňuje odstavec 9, který zní:
„(9) Pokud se v tomto zákoně užívá pojem stavební povolení, rozumí se jím i společné povolení, kterým se stavba umisťuje a povoluje podle zvláštního zákona⁴).“.