25. Návrh uvedeného zákona se původně postavení správních rad a dozorčích rad zaměstnaneckých pojišťoven vůbec netýkal. Teprve ve druhém čtení byl načten rozsáhlý pozměňovací návrh, který měl omezit jejich nezávislost, odstranit přímou kontrolu ze strany pojištěnců a podřídit zaměstnanecké zdravotní pojišťovny kontrole politickými stranami. Správní rada měla sestávat z 5 členů jmenovaných vládou a 10 členů volených Poslaneckou sněmovnou podle principu poměrného zastoupení politických stran v Poslanecké sněmovně. Obdobně byla upravena i volba dozorčích rad zaměstnaneckých pojišťoven. Uvedený pozměňovací návrh byl přijat a v této podobě byl návrh zákona postoupen Senátu, kde byl podroben kritice. Kromě jiného bylo kritizováno, že změna nebyla projednána v řádném připomínkovém řízení. Senátoři změnu způsobu volby členů správních rad a dozorčích rad zaměstnaneckých pojišťoven odmítli a místo toho prosadili vlastní „kompromisní“ pozměňovací návrh, který odpovídá platnému znění zákonné úpravy. Poslanecká sněmovna zákon ve znění tohoto pozměňovacího návrhu schválila.