65. Zákon o zaměstnaneckých pojišťovnách počítá po celou dobu své účinnosti s účastí zaměstnavatelů a pojištěnců na ustavování správních rad a dozorčích rad. Nezměněny přitom zůstaly i základní principy tohoto ustavování, tedy že v těchto orgánech jsou zastoupeni zaměstnavatelé, pojištěnci a stát každý jednou třetinou. Zástupci státu jsou jmenováni (původně byli jmenováni a odvoláváni Ministerstvem práce a sociálních věcí jako zřizovatelem zaměstnaneckých pojišťoven, později, po nabytí účinnosti novelizace provedené zákonem č. 60/1995 Sb. tuto pravomoc získalo Ministerstvo zdravotnictví a po nabytí účinnosti novelizace provedené zákonem č. 117/2006 Sb. vláda) a zástupci zaměstnavatelů a pojištěnců zaměstnanecké pojišťovny jsou voleni. Způsob voleb měl stanovit volební řád příslušné zaměstnanecké pojišťovny. Teprve novelizace provedená zákonem č. 117/2006 Sb. jednak upřesnila počty členů obou orgánů, jednak stanovila, že jedna třetina jejich členů (5 z 15 členů správní rady a 3 z 9 členů dozorčí rady) je jmenována vládou a zbylé dvě třetiny (10 z 15 členů správní rady a 6 z 9 členů dozorčí rady) jsou voleny zaměstnavateli a pojištěnci zaměstnanecké pojišťovny, a to tím způsobem, že polovina volených členů je volena z kandidátů předložených reprezentativními organizacemi zaměstnavatelů a polovina z kandidátů předložených reprezentativními odborovými organizacemi. Ke stanovení způsobu volby a volebního řádu vyhláškou bylo zmocněno Ministerstvo zdravotnictví.