37. NZIS při sběru a zpracování dat ani při analytických procedurách nevyužívá a nepotřebuje komplexní ztotožnění jedince. Proto také nejsou v žádném registru tvořícím NZIS současně sbírány komplexní osobní údaje umožňující ztotožnění – tedy např. triáda jméno, datum narození a rodné číslo. Rodné číslo a číslo pojištěnce slouží jedině k propojení mezi jednotlivými záznamy. Při vlastním zpracování dat v NZIS v žádném případě již identifikace konkrétní osoby není třeba a také není používána; veškeré výstupy NZIS jsou agregované a neumožňují přímou ani nepřímou identifikaci konkrétní osoby. Předávání dat poskytovatelům a zdravotním pojišťovnám je pak jednou ze základních funkcionalit NZIS. Takto jsou realizovány procesy umožňující poskytovatelům srovnávat výsledky a kvalitu vlastní péče s celkem, tedy s agregovanými daty národními či regionálními. Obdobně synchronizace a předávání dat z Národního registru poskytovatelů umožňuje zdravotním pojišťovnám efektivní sledování sítě poskytovatelů.