42. K problematice pacientských registrů vláda uvádí, že právě zdravotnické registry tvoří páteřní část NZIS a jako takové jsou pro řadu segmentů medicíny nepostradatelné. Např. navrhovatelkou zmiňovaný Národní registr hospitalizovaných je jediným zdrojem dat umožňujícím hodnotit vývoj, zátěž, dostupnost a kvalitu lůžkové péče. Důvodem vzniku tohoto registru však v žádném případě není měnit dohled nad úhradami či modifikovat postavení a roli zdravotních pojišťoven. Důvodem jeho existence je potřeba využít již existující a pravidelně sbíraná data o péči placené z veřejného zdravotního pojištění ke komplexním analýzám zdravotního stavu obyvatel, nemocnosti a jejích rizik, dostupnosti péče a její kvality a také k analýzám slabých míst sítě poskytovatelů zdravotních služeb. Kdyby byl předmětný registr zrušen, dílčí nemocniční informační systémy ve více než 350 nemocnicích jej nemohou nahradit. Samy nemocnice by zároveň přišly o možnost srovnávat svoje výsledky s celkem.