143. Zákon o zdravotních službách stanoví, že v NZIS vytvářejí zdravotnické registry vzájemně propojenou soustavu a pro účely uvedené v jeho § 73 je možné sdružovat údaje v nich vedené. Pro vedení těchto zdravotnických registrů lze využívat údaje získané z informačních systémů veřejné správy a zdravotních pojišťoven (§ 72 odst. 2). Pro zpracování osobních údajů v NZIS se do něj předávají v něm vymezené údaje pacientů, zdravotnických pracovníků, poskytovatelů zdravotních služeb a též - poskytují-li zdravotní služby - poskytovatelů sociálních služeb a osob usazených nebo sídlících v jiném členském státě Evropské unie, Evropského hospodářského prostoru nebo Švýcarsku, a to bez jejich souhlasu, není-li v něm stanoveno jinak (§ 70 odst. 2). Tyto údaje předávají do NZIS - bez nároku na úhradu nákladů s tím spojených - osoby nebo orgány uvedené v § 70 odst. 4 zákona o zdravotních službách, přičemž jsou povinny umožnit Ústavu a ministerstvu kontrolu správnosti a úplnosti sdělování těchto údajů. Údaje se do NZIS předávají pouze v elektronické podobě přímým zápisem nebo na technických nosičích způsobem stanoveným prováděcím právním předpisem a ve struktuře podle datového rozhraní zveřejněného Ústavem na jeho internetových stránkách (§ 70 odst. 5 a 6).