146. Důvodová zpráva k návrhu zákona o zdravotních službách (sněmovní tisk č. 405, Poslanecká sněmovna, 6. volební období, 2011) k účelu NZIS uvádí: „Národní zdravotnický informační systém slouží podle dosavadních i dříve platných právních předpisů k dlouhodobému sběru a zpracování informací (údajů), které jsou zejména z hlediska sledování zdraví obyvatelstva, ale i jednotlivých pacientů, poskytovatelů zdravotních služeb a efektivity jejich činností a zabezpečení poskytování zdravotní péče (zdravotních služeb), včetně potřeb vědy, státní statistiky a vymezování zdravotnických koncepcí, nenahraditelné a nezastupitelné. Je proto žádoucí NZIS zachovat a dále ho při maximálně možné ochraně údajů v něm vedených rozvíjet ... Účel sběru informací spočívá v získání podkladů k hodnocení zdravotního stavu obyvatelstva a jeho vývoje, ke sledování incidence společensky závažných nemocí, vad a stavů a jejich důsledků. Zároveň slouží jako podklad pro hodnocení účelnosti diagnostických a léčebných postupů a podporu nebo usměrnění jejich rozvoje s návazně možnou podporou vybavenosti zdravotnických zařízení přístrojovou technikou, popř. jako podklad pro změnu v úhradovém systému veřejného zdravotního pojištění. Na základě sebraných informací lze dále sledovat vývoj, příčiny a důsledky nejenom závažných onemocnění, a to včetně důsledků ekonomických a jejich dopadu do sociální sféry a ekonomiky sociálního systému. S ohledem na skutečnost, že vývoj zdravotního stavuje dynamický děj, je nezbytné stanovit údaje sledovat dlouhodobě a s možností jejich skupinového i individuálního hodnocení. Proto nelze údaje anonymizovat a je nezbytné je ponechat po dobu, pokud mají věcně vypovídací hodnotu ve formě individuálního vyjádření a důraz klást na jejich ochranu vůči zneužití.“