12. Vláda ve svém poměrně rozsáhlém vyjádření navrhla, aby Ústavní soud návrh na zrušení napadeného zákonného ustanovení zamítl. Úvodem se zaměřila na postavení a úlohu ÚZIS ve veřejné správě, a to zejména v oblasti správy Národního zdravotnického informačního systému (dále též „NZIS“), a s tím související problematiku ochrany shromažďovaných dat. Dále popsala aplikační praxi ÚZIS při vyřizování žádostí podaných na základě zákona o svobodném přístupu k informacím. V té spojitosti uvedla, že odborní žadatelé o výdej dat z registrů jsou v naprosté většině případů informováni o tom, že při žádosti o tato data je nezbytné postupovat podle ustanovení zákona o zdravotních službách. Naopak laičtí žadatelé využívají při svých žádostech vesměs postupu podle zákona o svobodném přístupu k informacím. V každém jednotlivém případě, kdy žadatel žádá o data z registrů podle zákona o svobodném přístupu k informacím, je vedle poskytnutí informace o struktuře dat podle napadeného ustanovení zároveň vydáno rozhodnutí o částečném odmítnutí žádosti podle § 15 odst. 1 InfZ ve spojení s § 73 odst. 7 ZZS. Částečné odmítnutí však dle vlády pokaždé obsahuje informaci o možnosti podat ve věci žádost o výdej dat podle § 73 odst. 8 ZZS. Někteří žadatelé tuto možnost následně využijí a odpovědi na své otázky pak obdrží řádně zpracované.