(1) Kontrolní rada kontroluje hospodaření Grantové agentury České republiky a předkládá svá zjištění předsednictvu. Kontrolní rada při kontrole přezkoumává a vyhodnocuje správnost finančních a majetkových operací a účinnost vnitřního kontrolního systému Grantové agentury České republiky. Kontrolní rada je oprávněna vyžádat si při kontrole nezávislý audit.

(2) Kontrolní rada projednává stížnosti na postup Grantové agentury České republiky při hodnocení návrhu projektu, navrhuje předsednictvu způsob vyřízení námitek proti oznámení o odmítnutí návrhu projektu a oznámení o nevybrání návrhu projektu a předkládá svá stanoviska předsednictvu.

(3) Stanovisko kontrolní rady je předsednictvo povinno projednat. Pokud se předsednictvo odchýlí od návrhu opatření k nápravě obsaženého ve stanovisku, musí tento postup odůvodnit.

(4) Kontrolní rada má 10 členů, které z řad odborníků volí Poslanecká sněmovna. Funkční období členů kontrolní rady jsou 4 roky. Člen kontrolní rady může být zvolen nejvýše na 2 po sobě jdoucí funkční období.

(5) Kontrolní rada předkládá Poslanecké sněmovně výroční zprávu o své činnosti. Poslanecká sněmovna může odvolat kontrolní radu, pokud dvakrát po sobě neschválí výroční zprávu.

(6) Členství v kontrolní radě je veřejnou funkcí, která nezakládá pracovněprávní vztah k České republice. Členům kontrolní rady za výkon jejich funkce náleží odměna, jejíž výši stanoví vláda, a cestovní náhrady.

(7) Člen kontrolní rady se nesmí podílet na řešení projektu s počátkem řešení po dni jeho nástupu do funkce, kterému poskytuje účelovou podporu Grantová agentura České republiky, ani na zpracování návrhu projektu ve výzvě k podávání návrhů projektů, vyhlášené Grantovou agenturou České republiky. Výkon funkce člena kontrolní rady je neslučitelný s výkonem funkce člena odborného poradního orgánu Technologické agentury České republiky, s výkonem funkce statutárního orgánu právnické osoby zabývající se výzkumem, vývojem a inovacemi včetně statutárního orgánu vysoké školy a s výkonem funkce děkana fakulty vysoké školy.