(1) Není-li dále stanoveno jinak, řídí se právní poměry vzniklé přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona zákonem č. 130/2002 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona.

(2) Pokud došlo přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona k zahájení veřejné soutěže ve výzkumu, vývoji a inovacích, k vyhlášení zadávacího řízení veřejných zakázek, k vyhlášení výzvy k předložení žádostí o udělení podpory, k zahájení řízení o poskytnutí podpory v oblasti výzkumu, vývoje a inovací, k zahájení řízení o zápis do seznamu výzkumných organizací, dokončí se takové veřejné soutěže ve výzkumu, vývoji a inovacích, zadávání, výzvy k předložení žádosti o udělení podpory, řízení o poskytnutí podpory v oblasti výzkumu, vývoje a inovací a řízení o zápis do seznamu výzkumných organizací podle zákona č. 130/2002 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona. Právní poměry vzniklé postupem podle věty první se řídí dosavadními právními předpisy.

(3) Grantová agentura České republiky je oprávněna v roce 2027 vyhlásit veřejnou soutěž ve výzkumu, vývoji a inovacích podle zákona č. 130/2002 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, a to v souladu s příslušnou skupinou grantových projektů schválenou podle zákona č. 130/2002 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona. Grantová agentura České republiky je povinna předložit návrhy programů výzkumu, vývoje, inovací a transferu znalostí vládě podle tohoto zákona nejpozději ve lhůtě podle § 59 odst. 1 tak, aby programy mohly být schváleny vládou před předložením návrhu výdajů podle § 42 na rok 2028.

(4) Při přípravě návrhu výdajů státního rozpočtu na rok 2027 a při přípravě návrhu programu, který má být zahájen v roce 2027, se postupuje podle § 42, 43, 59 a 60.

(5) Pokud došlo přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona k zahájení řízení o schválení výzkumné organizace pro přijímání výzkumných pracovníků ze třetích zemí, dokončí se takové řízení podle zákona č. 341/2005 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona.

(6) Poskytovatel institucionální podpory na dlouhodobý koncepční rozvoj výzkumné organizace podle zákona č. 130/2002 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, se považuje za poskytovatele institucionální podpory podle tohoto zákona v případech, kdy o jejím poskytnutí rozhodl v souladu s § 4 odst. 2 písm. a) zákona č. 130/2002 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona.

(7) Poskytovatel institucionální podpory vydá rozhodnutí o poskytnutí institucionální podpory až pro první kalendářní rok následující po posledním kalendářním roce, pro který byla příslušnému příjemci poskytnuta podpora poskytovatelem institucionální podpory na dlouhodobý koncepční rozvoj výzkumné organizace podle zákona č. 130/2002 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona.

(8) Výzkumní pracovníci, kteří ke dni nabytí účinnosti tohoto zákona vykonávají závislou práci v základním pracovněprávním vztahu k výzkumné organizaci, která je příjemcem institucionální podpory, jsou povinni oznamovací povinnost podle § 54 odst. 5 splnit nejpozději do 4 měsíců ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona.

(9) Podle zvláštních postupů stanovených vládou podle § 40 odst. 2 zákona č. 130/2002 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, lze tam, kde je to z povahy věci možné, přiměřeně postupovat do schválení zvláštních postupů podle § 8 tohoto zákona.