(1) Předseda zastupuje Technologickou agenturu České republiky navenek a plní funkci vedoucího organizační složky státu.

(2) Předsedu jmenuje a odvolává na návrh Rady pro výzkum, vývoj, inovace a transfer znalostí vláda. Předseda je jmenován z členů předsednictva, kteří nezastupují ústřední správní úřady. Není-li funkce předsedy dočasně obsazena, vykonává v nezbytně nutném rozsahu jeho funkci místopředseda, kterého jmenuje vláda z členů předsednictva na návrh Rady pro výzkum, vývoj, inovace a transfer znalostí.

(3) Předseda je vedoucím služebního úřadu a služebním orgánem podle zákona o státní službě. Předseda jedná jménem státu v pracovněprávních vztazích. Předseda může pověřit výkonem svých pravomocí služebního orgánu svého zástupce, kterého písemně určí podle zákona o státní službě.