(1) Kontrolní rada kontroluje hospodaření s finančními prostředky Technologické agentury České republiky a předkládá svá zjištění předsednictvu. Kontrolní rada při kontrole přezkoumává a vyhodnocuje správnost finančních a majetkových operací a účinnost vnitřního kontrolního systému Technologické agentury České republiky. Kontrolní rada je oprávněna si vyžádat při kontrole nezávislý audit.

(2) Kontrolní rada projednává stížnosti na postup Technologické agentury České republiky při hodnocení návrhu projektu, navrhuje předsednictvu způsob vyřízení námitek proti oznámení o odmítnutí návrhu projektu a oznámení o nevybrání návrhu projektu a předkládá svá stanoviska předsednictvu.

(3) Stanovisko kontrolní rady je předsednictvo povinno projednat. Pokud se předsednictvo odchýlí od návrhu opatření k nápravě obsaženého ve stanovisku, musí tento postup odůvodnit.

(4) Kontrolní rada má 10 členů, které z řad odborníků volí Poslanecká sněmovna na návrh právnických osob zabývajících se výzkumem a vývojem. Funkční období členů kontrolní rady jsou 4 roky. Člen kontrolní rady může být zvolen na 2 po sobě jdoucí funkční období.

(5) Kontrolní rada předkládá Poslanecké sněmovně výroční zprávu o své činnosti. Poslanecká sněmovna může odvolat kontrolní radu, pokud dvakrát po sobě neschválí výroční zprávu.

(6) Členství v kontrolní radě je veřejnou funkcí, která nezakládá pracovněprávní vztah k České republice. Za výkon této veřejné funkce náleží odměna, jejíž výši stanoví vláda, a cestovní náhrady.