a) řídí výkon státní správy na úseku vodního hospodářství,

b) pečuje o ochranu přirozené akumulace vod a vodních zdrojů, o ochranu vodních toků, o ochranu jakosti povrchových a podzemních vod a o odstraňování, dosavadního znečištění a zabraňování jejich dalšímu znečišťování,

c) provádí rozbor stavu využití vodních zdrojů, pečuje o udržování rovnováhy mezi kapacitou vodních zdrojů, potřebou a spotřebou vody a o nejhospodárnější a nejúčelnější využití vodních zdrojů a zajišťuje jejich evidenci,

d) usměrňuje hospodaření s vodami, sestavuje a doplňuje směrný vodohospodářský plán a zajišťuje uplatňování jeho zásad při hospodaření s vodami,

e) určuje správce drobných vodních toků a zajišťuje správu vodních toků vodohospodářsky významných státními vodohospodářskými organizacemi jím řízenými,

f) zabezpečuje hydrologickou službu a hydrologický průzkum,

g) pečuje o splavnost vodních toků a budování vodních cest s výjimkou vodních cest dopravně významných,

h) zabezpečuje přípravu odborných podkladů pro rozhodování ve správním řízení a ostatní opatření vodohospodářských orgánů včetně jednotného informačního systému prostřednictvím jím řízených státních vodohospodářských organizací spravujících vodohospodářsky významné vodní toky;³) obecně závazným předpisem může upravit podrobněji úkoly na tomto úseku.

i) vyjadřuje se podle § 14 vodního zákona k stavbám, pokud rozhodujícím způsobem ovlivňují nakládání s vodami, ochranu vod nebo ochranu proti povodním a pokud si to vyhradí,

j) řídí v jím řízených organizacích základní a aplikovaný vodohospodářský výzkum,

k) vykonává vrchní vodohospodářský dozor,

l) schvaluje pokud si to vyhradí komplexní manipulační řády soustav vodohospodářských děl, které zásadním způsobem ovlivňují vodní hospodářství v územních obvodech několika okresů,

m) rozhoduje ve vodohospodářských věcech hraničních toků; má-li takové rozhodnutí vliv na průběh, povahu nebo vyznačení státní hranice, rozhoduje po projednání s ministerstvem vnitra,

n) činí za mimořádné situace, zejména při nedostatku vody a při havarijním zhoršení jakosti vody, opatření příslušející podřízenému vodohospodářskému orgánu, a to v případech přesahujících území kraje nebo možnosti orgánu kraje v přenesené působnosti,

o) rozhoduje v pochybnostech o rozsahu povinností, popřípadě oprávnění správců vodních toků vodohospodářsky významných, pokud nejde o rozhodování podle správního řádu,

p) upravuje obecně závazným právním předpisem podrobněji úkoly jednotlivých vodohospodářských orgánů stanovené tímto zákonem,

r) plní další úkoly vyplývající z tohoto zákona,

s) stanoví podmínky pro získávání a vypracování odborných technických podkladů pro výkon státní správy a výkon vodohospodářského dozoru.