(3) Ministerstvo

a) řídí výkon státní správy lesů, včetně vojenských lesů,

b) vydává souhlas k nakládání se státními lesy (§ 4 odst. 2),

c) uplatňuje stanovisko k územnímu rozvojovému plánu a k zásadám územního rozvoje,

d) vydává závazné stanovisko k návrhům na stanovení dobývacích prostorů, jimiž mají být dotčeny pozemky určené k plnění funkcí lesa, a určuje způsob jejich rekultivace (§ 14 odst. 2 a 3),

e) vyhlašuje na svých internetových stránkách informační standard datové komunikace lesního hospodářství,

f) zadává a schvaluje oblastní plány rozvoje lesů (§ 23 odst. 1),

g) podílí se spolu s Ministerstvem životního prostředí na shromažďování informací o invazních nepůvodních druzích dřevin a hodnocení jejich dopadů na stav a vývoj lesních ekosystémů,

h) je dotčeným orgánem při vydávání rozhodnutí nebo opatření obecné povahy, kterým se stanoví opatření k odstranění invazního nepůvodního druhu na unijním seznamu, jehož zavlečení, vysazení anebo výskyt byl včas zjištěn, podle zákona o ochraně přírody a krajiny⁴⁵),

i) povoluje výjimku z požadavků na použití reprodukčního materiálu k umělé obnově lesa a zalesňování (§ 29 odst. 3),

j) ustanovuje lesní stráž a zrušuje ustanovení lesní stráže (§ 38),

k) rozhoduje ve sporech o místní příslušnost krajských úřadů,

l) vykonává dozor, jak orgány státní správy, fyzické a právnické osoby dodržují ustanovení tohoto zákona, předpisů vydaných k jeho provedení a rozhodnutí vydaných na jejich základě (§ 51 odst. 1).

m) vykonává dozor, jak orgány státní správy, fyzické a právnické osoby ve vojenských lesích dodržují ustanovení tohoto zákona, předpisů vydaných k jeho provedení a rozhodnutí vydaných na jejich základě (§ 51 odst. 1),

n) rozhoduje ve sporech o místní příslušnost orgánů státní správy lesů, pokud je jedním z účastníků Vojenský lesní úřad,

o) vykonává funkci odvolacího orgánu proti rozhodnutím vydaným Vojenským lesním úřadem,

p) vydává opatření obecné povahy o výjimce z požadavků na použití reprodukčního materiálu k umělé obnově lesa a zalesňování (§ 29 odst. 4),

q) vydává opatření obecné povahy o uložení opatření v případech mimořádných okolností, pokud přesahují obvod územní působnosti kraje (§ 32 odst. 4), a

r) poskytuje České inspekci životního prostředí pro výkon její dozorové činnosti data schválených plánů a osnov v elektronické podobě.