(1) Příjemce, který je účetní jednotkou, vede v rámci účetnictví podle zvláštního zákona^7c) pro každý projekt, pro poskytnutou institucionální podporu a pro další činnosti ve výzkumu, vývoji a inovacích podporované z veřejných prostředků podle § 3 odst. 2 a 3 oddělenou evidenci o vynaložených výdajích nebo nákladech a v rámci této evidence sleduje výdaje nebo náklady hrazené z podpory. Příjemce, který není účetní jednotkou, vede tuto oddělenou evidenci v rámci daňové evidence na základě zákona upravujícího daně z příjmů⁵⁵). Způsob vedení této evidence stanoví na základě zákona upravujícího daně z příjmů poskytovatel.

(2) Z účelové podpory projektu lze hradit uznané náklady na výzkum, vývoj a inovace prováděný příjemcem, popřípadě dalším účastníkem projektu.

(3) Z institucionální podpory může příjemce hradit náklady na činnosti ve výzkumu, vývoji a inovacích jiné výzkumné organizace, pokud jsou tyto činnosti předmětem spolupráce ve výzkumu, vývoji a inovacích mezi výzkumnými organizacemi na základě písemné smlouvy.

(4) V případě, že v projektu není podrobně specifikován předmět služby nebo pořízení hmotného nebo nehmotného majetku ve výzkumu, vývoji a inovacích, včetně ceny a kurzu platného v době podání návrhu projektu a dodavatele, postupuje příjemce podle zákona o zadávání veřejných zakázek²).