6.1.a) Metoda podle Pastrika (2000)

1. Napipetuje se 220 µl lýzového pufru (100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl [pH 8,0], 1 mM EDTA [pH 8,0]) do mikrozkumavky o objemu 1,5 ml.

10. Přidá se 1 ml 100 % etanolu (-20 °C), krátce se promíchá třepáním a inkubuje se na ledu po dobu 10 minut.

11. Odstředí se na 15 000 g po dobu 20 minut při 4 °C a odstraní se z pelety etanol.

12. Přidá se 500 µl 80 % etanolu (-20 °C) a promíchá převracením mikrozkumavky.

13. Odstřeďuje se na 15 000 g po dobu 10 minut při 4°C, peleta se zachová a odstraní etanol.

14. Peleta se nechá uschnout na vzduchu nebo v DNA speed vac.

15. Peleta se resuspendujte v 100 µl sterilní vody (UPW) a nechá stát nejméně 20 minut při pokojové teplotě.

16. Skladuje se při teplotě -20 °C až do upotřebení při PCR.

17. Jakákoliv bílá usazenina se odstraní odstředěním a pro PCR se použije 5 µl supernatantu obsahujícího DNA.

2. Přidá se 100 µl extraktu ze vzorku a umístí se do termobloku nebo vodní lázně o teplotě 95 °C na dobu 10 minut.

3. Mikrozkumavka se vloží na 5 minut do ledu.

4. Přidá se 80 µl zásobního roztoku lyzozymu (50 mg lyzozymu na 1 ml v 10 mM Tris HCl, pH 8,0) a inkubuje se při teplotě 37 °C po dobu 30 minut.

5. Přidá se 220 µl Easy DNA ^® roztok A (Invitrogen), dobře se promíchá třepáním a inkubuje se při teplotě 65 °C po dobu 30 minut.

6. Přidá se 100 µl Easy DNA ^® roztok B (Invitrogen)a silně se promíchá třepáním, až usazenina sama poteče do mikrozkumavky a vzorek začne být stejnoměrně viskózní.

7. Přidá se 500 µl chloroformu a míchá se třepáním, až se viskozita sníží a směs se stane homogenní.

8. Odstřeďuje se na 15 000 g po dobu 20 minut při 4 °C pro oddělení fází a vytvoření mezifáze.

9. Přenese se horní fáze do čisté mikrozkumavky.