bod A · 331/2004 Sb.

A. Komerční standardizovaný kontrolní materiál

Poznámka:
a) Izolované bakteriální kultury
Následující izolované bakteriální kultury se doporučují jako standardní referenční materiál buď k pozitivní kontrole (tabulka 1) nebo během optimalizace testů, aby se zabránilo vzájemnému působení (tabulka 2). Všechny kmeny jsou komerčně dostupné a lze je získat z těchto sbírek:
Tabulka 1: Referenční panel izolovaných bakteriálních kultur SMT R. solanacearum

Kód NCPPB	SMT #	Jiné kódy	Identifikace
NCPPB 4162	51	CFBP 1954	Bacillus polymyxa⁽¹⁾
NCPPB 4163	52	CFBP 1538	Pseudomonas marginalis pv. marginalis⁽¹⁾
NCPPB 4164	-	CFBP 2227	Burkholderia cepacia ⁽²⁾
NCPPB 4165	-	CFBP 2459	Ralstonia pickettii⁽²⁾
NCPPB 4166	58	CFBP 3567, CSL Pr1150	Ralstonia pickettii⁽¹⁾
NCPPB 4167	60	CFBP 4618, PD 2778	Ralstonia sp. ⁽¹⁾
NCPPB 1127	53	CFBP 3575	Burkholderia andropogonis ⁽¹⁾
NCPPB 353	54	CFBP 3572	Burkholderia caryophylli⁽¹⁾
NCPPB 945	55	CFBP 3569	Burkholderia cepacia ⁽¹⁾
NCPPB 3708	56	CFBP 3574	Burkholderia glumae ⁽¹⁾
NCPPB 3590	57	CFBP 3573	Burkholderia plantarii ⁽¹⁾
NCPPB 3726	59	CFBP 3568	Banana Blood Disease Bacterium ^(1)(2)(3)
NCPPB 4168	61	CFBP 4619, IPO S339	Enterobacter sp. ⁽¹⁾
NCPPB 4169	62	IPO 1695	Enterobacter sp. ⁽¹⁾
NCPPB 4170	63	CFBP 4621, IPO S306	Ochrobactrum anthropi⁽¹⁾⁽²⁾
NCPPB 4171	64	CFBP 4622, IPO 1693	Curtobacterium sp.⁽¹⁾⁽²⁾
NCPPB 4172	65	IPO 1696a	Pseudomonas sp.⁽¹⁾
NCPPB 4173	-	PD 2318	Aureobacterium sp. ⁽²⁾
NCPPB 4174	81	IVIA 1844.06	Flavobacterium sp. ⁽¹⁾⁽²⁾
⁽¹⁾ Potencionální křížově reagující kmen v sérologických testech (IF a/nebo ELISA) s polyklonálním antisérem. ⁽²⁾ Kmen, ze kterého lze v některých laboratořích amplifikovat produkt PCR na podobnou velikost, jako je očekávaná velikost při použití specifických primerů OLI-1 a Y-2 (viz dodatek 6). ⁽³⁾ Pravděpodobnost křížové reakce ve většině testů, ale výskyt znám pouze u banánů v Indonésii.

Tabulka 2: Referenční panel SMT sérologicky nebo geneticky příbuzných bakterií k optimalizaci detekčních testů
Spolehlivost výše uvedených kmenů může být zaručena pouze v případě, že pocházejí z původních sbírek kultur.

Kód NCPPB	SMT #	Jiné kódy	Země původu	Biovar
NCPPB 4153	6	CFBP 4582, Pr 3020, EURS11	Egypt	2
NCPPB 4154	10	CFBP 4585, 550, EURS21	Turecko	2
NCPPB 3857	12	CFBP 4587, Pr 1140, EURS26	Anglie	2
NCPPB 1584	23	CFBP 4598, EURS49	Kypr	2
NCPPB 2505	24	CFBP 4599, EURS50	Švédsko	2
NCPPB 4155	26	CFBP 4601, 502, EURS55	Belgie	2
NCPPB 4156 (*)	^71(*)	PD 2762, CFBP 3857	Nizozemsko	2
NCPPB 4157	66	LNPV 15.59	Francie	2
NCPPB 4158	39	CFBP 4608, Port 448, EURS80	Portugalsko	2
NCPPB 4160	69	IVIA-1632-2	Španělsko	2
NCPPB 4161	76	B3B	Německo	2
NCPPB 325	41	CFBP 2047, KEL60-1, R842	USA	1
NCPPB 3967	42	CFBP 4610, R285, GONg7	Kostarika	1
NCPPB 4028	43	CFBP 4611, R303/571, CIP310, SEQ205	Kolumbie	2
NCPPB 3985	44	CFBP 4612, R578, CIP312	Peru	2T
NCPPB 3989	45	CFBP 4613, R568, CIP226	Brazílie	2T
NCPPB 3996	46	CFBP 3928, R276/355, CIP72, SEQ225	Peru	3
NCPPB 3997	47	CFBP 4614, R280/363, CIP49, HAY0131	Austrálie	3
NCPPB 4029	48	CFBP 4615, R297/349, CIP121, CMIb2861	Srí Lanka	4
NCPPB 4005	49	CFBP 4616, R470	Filipíny	4
NCPPB 4011	50	CFBP 4617, R288, HEmps2	Čína	5
(*) Jako standardní referenční kmen se použije R. solanacearum biovar 2 (rod 3).

Mražené sušené pelety bramborového extraktu ze 200 zdravých hlíz bramboru k negativní kontrole všech testů.
Mražené sušené pelety bramborového extraktu ze 200 zdravých hlíz bramboru obsahující 10³ až 10⁴ a 10⁴ až 10⁶ buněk biovaru 2 R. solanacearum (kmen NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857) jako pozitivní kontroly serologických a PCR testů. Protože životaschopnost buňky je ovlivněna lyofilizací, nejsou tyto vhodné jako standardy v testech izolace a testech patogenity.
b) Komerční standardizovaný kontrolní materiál
Následující standardní kontrolní materiál je možné získat ze sbírky kultur NCPPB.
Ve formaldehydu fixované suspense biovaru 2 R. solanacearum (kmen NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857) s 10⁶ buňkami na 1 ml k pozitivní kontrole sérologických testů.

1. Národní sbírka patogenních bakterií rostlin (NCPPB), Ústřední vědecká laboratoř York, UK.

2. Sbírka kultur sekce ochrany rostlin (PD), Wageningen, Nizozemsko.

3. Francouzská sbírka patogenních bakterií rostlin (CFBP), Ústav fytobakteriologie INRA, Angers, Francie.