(2) Správy vedou výpisy z ústředního seznamu ochrany přírody (§ 42 a 47) v obvodu své územní působnosti. Mohou si vyhradit působnost obce ve věcech podle § 76 odst. 1 písm. a), jsou-li pro to závažné důvody; projednávají a ukládají pokuty podle tohoto zákona za přestupky a protiprávní jednání na území národních parků a chráněných krajinných oblastí. Jsou oprávněny k vydání vyhlášky o zřízení přírodních rezervací (§ 33) a přírodních památek (§ 36). Správy přezkoumávají rozhodnutí orgánů obcí vydaná ve správním řízení na úseku ochrany přírody a krajiny. Správy jsou dále oprávněny rozhodovat podle § 66, 86 a 89 a jsou oprávněny vyžadovat prokázání původu a totožnosti podle § 54. Dále udělují výjimky ze zákazů stanovených pro jeskyně (§ 10 odst. 2), vydávají povolení k činnostem v jeskyních (§ 10 odst. 3), vydávají stanoviska podle § 45i odst. 1 a ukládají kompenzační opatření podle § 45i odst. 11. Správy národních parků ve své územní působnosti a správy chráněných krajinných oblastí na ostatním území České republiky vydávají souhlas podle § 45e odst. 2 v ptačích oblastech, na jejichž území se nachází národní park, chráněná krajinná oblast, národní přírodní rezervace nebo národní přírodní památka, a zajišťují péči o ně a udělují výjimky z ochranných podmínek zvláště chráněných kriticky a silně ohrožených druhů rostlin a živočichů, vydávají osvědčení podle § 54 odst. 4 a souhlas podle § 54 odst. 3 pro zvláště chráněné kriticky a silně ohrožené živočichy.