25. Senát Parlamentu České republiky ve vyjádření ze dne 9. srpna 2006 popsal proceduru posouzení zákona č. 245/2006 Sb. Senátem. Senát návrh zákona projednal dne 15. března 2006 a k návrhu přijal usnesení č. 364, kterým návrh zákona zamítl. Při projednávání návrhu zákona byla v Senátu, a to jak ve výborech, kterým byl návrh zákona přikázán, tak na plénu, vedena rozsáhlá rozprava, která se zejména zabývala problematikou tvorby té části sítě veřejných zdravotnických zařízení, kterou zákon vytváří ze zdravotnických zařízení vyjmenovaných v příloze k zákonu, a navrhované úpravy zakotvující odpovědnost krajů za to, že síť veřejných zdravotnických zařízení v kraji bude splňovat příslušné požadavky zákona. Rozprava se vedla především o těch ustanoveních, jež jsou navrhována ke zrušení. Jelikož stát zákony č. 157/2000 Sb. a č. 290/2002 Sb. převedl některá svá zdravotnická zařízení do vlastnictví územních samosprávních celků (ač jako subjekt ve smyslu Listiny garantující zajištění zdravotní péče mohl síť zdravotnických zařízení vytvořit již v roce 2000 sám), není nyní v souladu s ústavními principy ochrany vlastnictví přípustné vytvářet síť zdravotnických zařízení na úkor vlastnických práv těchto subjektů. Kritizováno též bylo, že při tvorbě seznamu zdravotnických zařízení (příloha k zákonu), které mají fakticky tvořit páteř sítě veřejných neziskových ústavních zdravotnických zařízení, nebylo dostatečně přihlíženo ke konzultacím a názorům různých dotčených stran, ať již zastupitelstev obcí či krajů, odborných profesních zdravotnických organizací nebo subjektů zastupujících pacienty, a především nebyla stanovena jednoznačná kritéria, jejichž splnění by odůvodňovalo konkrétní zařazení či nezařazení příslušného zdravotnického zařízení do uvedeného seznamu. Proto byl tento seznam hodnocen jako neobjektivně vytvořený a nesystémový. To podtrhuje skutečnost, že seznam byl též zcela náhodně, na základě pozměňovacích návrhů podaných až ve druhém čtení v Poslanecké sněmovně, doplněn o 9 zdravotnických zařízení; zároveň bylo konstatováno, že v některých případech seznam obsahuje tentýž subjekt dvakrát, např. Nemocnici Litomyšl. Zejména však bylo poukazováno, že existence seznamu vybraných zdravotnických zařízení neodůvodněně vytvoří nerovné podmínky a postavení zdravotnických zařízení v oblasti poskytování zdravotnických služeb a jeví se jako existenčně likvidační pro ta zdravotnická zařízení, která nebudou součástí sítě veřejných neziskových ústavních zdravotnických zařízení. Tím je porušen princip rovnosti, který Ústavní soud vyložil v řadě svých nálezů, v nichž se ztotožnil s názorem Ústavního soudu ČSFR (viz nález Ústavního soudu ČSFR sp. zn. Pl. ÚS 22/92 ze dne 8. října 1992, Sbírka usnesení a nálezů Ústavního soudu ČSFR, č. 11). Závěrem svého vyjádření Senát uvedl, že většinově shledal porušení shora uvedených ústavních principů, a proto návrh zákona zamítl.