48. Jak ze shora uvedeného vyplývá, zákon č. 245/2006 Sb. znamená zásadní průlom do působnosti územně samosprávných celků uložené jim zákonem č. 20/1966 Sb. v ustanovení § 33 a 39 tím, že nezávisle na vůli těchto celků mění právní formu zdravotnických zařízení a dále když provoz těchto zařízení (jejichž zřizovateli jsou kraje a obce) podrobuje řídící a kontrolní pravomoci Ministerstva zdravotnictví, které je složkou výkonné moci. Tím nová právní úprava učiněná zákonem č. 245/2006 Sb. minimalizuje prostor pro výkon územní samosprávy v oblasti zdravotnictví, jak to předpokládají zákony č. 20/1966 Sb., č. 128/2000 Sb., č. 129/2000 Sb. a č. 131/2000 Sb., když rozhodující roli v této oblasti přenechává Ministerstvu zdravotnictví.