33. Ekumenická rada církví v České republice ve svém vyjádření ze dne 5. 5. 2006 uvedla, že „skrytým účelem zákona č. 495/2005 Sb.“ bylo „omezit náboženské svobody zaručené církvím a náboženským společnostem Listinou“, a výslovně zpochybnila ustanovení § 15a odst. 1 písm. a) zákona, které „umožňuje navrhnout k evidenci orgán církve, řeholní nebo jinou instituci založenou pouze za účelem vyznávání náboženské víry“, ustanovení § 15a odst. 1 písm. b) zákona, jež „omezuje oblasti, v nichž mohou církve vyvíjet činnost, což je v rozporu s čl. 16 Listiny“, a konečně ustanovení § 26 zákona, které „rozšiřuje pravomoci ministerstva kultury, které je oprávněno zrušit účelové zařízení, nejsou-li ustaveny orgány nebo nevykonává-li účelové zařízení po dobu delší než jeden rok činnost“.