IV. Stanoviska dalších dotčených subjektů
32. Ústavní soud, veden snahou získat co nejúplnější informaci, požádal (obdobně jako v řízení vedeném pod sp. zn. Pl. ÚS 6/02) o sdělení stanoviska k posuzovanému návrhu Ekumenickou radu církví v České republice a Českou biskupskou konferenci.
33. Ekumenická rada církví v České republice ve svém vyjádření ze dne 5. 5. 2006 uvedla, že „skrytým účelem zákona č. 495/2005 Sb.“ bylo „omezit náboženské svobody zaručené církvím a náboženským společnostem Listinou“, a výslovně zpochybnila ustanovení § 15a odst. 1 písm. a) zákona, které „umožňuje navrhnout k evidenci orgán církve, řeholní nebo jinou instituci založenou pouze za účelem vyznávání náboženské víry“, ustanovení § 15a odst. 1 písm. b) zákona, jež „omezuje oblasti, v nichž mohou církve vyvíjet činnost, což je v rozporu s čl. 16 Listiny“, a konečně ustanovení § 26 zákona, které „rozšiřuje pravomoci ministerstva kultury, které je oprávněno zrušit účelové zařízení, nejsou-li ustaveny orgány nebo nevykonává-li účelové zařízení po dobu delší než jeden rok činnost“.
34. Česká biskupská konference ve vyjádření ze dne 2. 4. 2006 návrhu přisvědčuje s tím, že novelizace provedená zákonem č. 495/2005 Sb. „se vyznačuje snahou opětovně zavést princip registrace pro vznik církevních právnických osob, byť zastřeně, pod pojmem evidence, což je v rozporu s ústavním pořádkem, jak vyplývá z ustálené judikatury Ústavního soudu“. Podle jejího názoru je však potřebné zohlednit „různorodosti jednotlivých církví a náboženských společností co do jejich povahy, cílů, struktury, počtu členů a historie“, resp. existenci „tzv. tradičních církví (náboženských společností), které na území České republiky působí kontinuálně po řadu století a jejichž nauka a systém hodnot je ve svých principech neměnný a transparentní“. Obšírně objasňuje specifickou situaci Katolické církve danou celosvětovou reprezentací Apoštolským stolcem, jehož mezinárodněprávní subjektivitu Česká republika uznala, což „dosvědčují vzájemné diplomatické styky na nejvyšší úrovni“. Katolická církev, „oproti ostatním církvím a především náboženským společnostem“, svoje „vnitřní poměry upravuje univerzální kodifikací kanonického práva, založené na tisícileté ověřené tradici“. Podle České biskupské konference „nadále není smysluplné řešit ústavní deficity zákona č. 3/2002 Sb. jeho dílčími derogacemi“, nýbrž „neústavní užití zákona č. 3/2002 Sb. lze v praxi vyloučit jedině tak, že bude nahrazen jinou právní úpravou“.