34. Česká biskupská konference ve vyjádření ze dne 2. 4. 2006 návrhu přisvědčuje s tím, že novelizace provedená zákonem č. 495/2005 Sb. „se vyznačuje snahou opětovně zavést princip registrace pro vznik církevních právnických osob, byť zastřeně, pod pojmem evidence, což je v rozporu s ústavním pořádkem, jak vyplývá z ustálené judikatury Ústavního soudu“. Podle jejího názoru je však potřebné zohlednit „různorodosti jednotlivých církví a náboženských společností co do jejich povahy, cílů, struktury, počtu členů a historie“, resp. existenci „tzv. tradičních církví (náboženských společností), které na území České republiky působí kontinuálně po řadu století a jejichž nauka a systém hodnot je ve svých principech neměnný a transparentní“. Obšírně objasňuje specifickou situaci Katolické církve danou celosvětovou reprezentací Apoštolským stolcem, jehož mezinárodněprávní subjektivitu Česká republika uznala, což „dosvědčují vzájemné diplomatické styky na nejvyšší úrovni“. Katolická církev, „oproti ostatním církvím a především náboženským společnostem“, svoje „vnitřní poměry upravuje univerzální kodifikací kanonického práva, založené na tisícileté ověřené tradici“. Podle České biskupské konference „nadále není smysluplné řešit ústavní deficity zákona č. 3/2002 Sb. jeho dílčími derogacemi“, nýbrž „neústavní užití zákona č. 3/2002 Sb. lze v praxi vyloučit jedině tak, že bude nahrazen jinou právní úpravou“.