121. Případné zrušení napadené právní úpravy Národního zdravotnického informačního systému by znamenalo přinejmenším trvalou ztrátu veškeré zdravotnické statistiky rezortu zdravotnictví o zdravotním stavu obyvatelstva, která zde funguje již od dob tzv. první republiky, jakož i zásah do státní statistické služby (např. údaje o potratech jsou zdrojovými daty pro státní statistiku demografického rozvoje Českého statistického úřadu). Za nevyčíslitelnou lze označit i případnou ztrátu mnohdy desítky let sbíraných dat, včetně možnosti tato data konfrontovat s ostatními zeměmi Evropy a světa. Informace z registrů totiž slouží k dlouhodobému sledování a analýze výskytu sledovaných onemocnění a léčebných metod v České republice, přičemž zjištěná data jsou zpracovávána v epidemiologických studiích a slouží zdravotnického výzkumu. Současně by se narušila funkčnost i jiných registrů, když např. Národní registr poskytovatelů je registrován jako tzv. agendový resortní registr ve vztahu k základním registrům podle zákona č. 111/2009 Sb., o základních registrech, ve znění pozdějších předpisů, a v důsledku jeho zrušení by byla narušena funkce těchto registrů jako jednoho z nástrojů snížení administrativní zátěže a odbřemenění veřejné správy. Znemožnilo by se i plnění mezinárodních závazků vůči mezinárodním organizacím.