b) Při stanovení mikrobiologických kritérií se odebírají vždy jednorázové vzorky. Pro jednu analýzu výstupu musí být odebráno vždy 5 jednorázových vzorků v souladu s přílohou č. 28 přímo použitelného evropského předpisu o hygienických pravidlech pro vedlejší produkty živočišného původu a získané produkty, které nejsou určeny k lidské spotřebě²⁹) ze dne 25. února 2011 během jednoho dne. V případě kontinuálního procesu musí být vzorky odebrány během 24 hodin v minimálně v 1-2 hodinových intervalech, s ohledem na použitou technologie úpravy bioodpadů. U bioplynových stanic a zařízení s anaerobní digescí se vzorky odebírají zařízením pro odběr vzorku (zejména ventilem umístěným buď v uskladňovací nádrži digestátu nebo v přítokové části do uskladňovací nádrže). Množství jednoho odebraného vzorku musí být minimálně 0,5 kg (pevná matrice) nebo 0,5 I (tekutá matrice).