70. Samotná provozní bezpečnost NZIS je zajištěna systémem opatření vycházejících z ISO 27001 a vyhlášky č. 82/2018 Sb., o bezpečnostních opatřeních, kybernetických bezpečnostních incidentech, reaktivních opatřeních, náležitostech podání v oblasti kybernetické bezpečnosti a likvidaci dat (vyhláška o kybernetické bezpečnosti), jakož i „sadou technických nástrojů pro sledování a vyhodnocování provozu, správy logů, propracovaným systémem Business continuity a dalšími nástroji a opatřeními“. Ústav dále odkazuje na provozní metodiky NZIS, které podle něj plně odpovídají právním předpisům, jakož i standardům ISO/IEC 27001:2013 a ISO 10001:2007.