(1) Poskytovatel stanoví v rozhodnutí o poskytnutí institucionální podpory nebo v rozpočtovém opatření účel podpory a podmínky, které musí v souvislosti s použitím podpory příjemce splnit tak, aby odpovídaly koncepci výzkumné organizace, pokud jiný právní předpis nestanoví jinak¹⁵).

(2) V rozhodnutí o poskytnutí institucionální podpory nebo v rozpočtovém opatření je poskytovatel povinen dále stanovit povinnosti výzkumné organizace podle hlavy druhé části druhé tohoto zákona, které musí příjemce v souvislosti s použitím dotace splnit. Za porušení těchto povinností nebo za selhání vnitřního systému pro ochranu etiky výzkumu, vědecké integrity a dobré vědecké praxe nebo systému řízení rizik může poskytovatel stanovit v rozhodnutí o poskytnutí institucionální podpory nižší odvod. Postupuje při tom podle § 14 odst. 4 a 5 rozpočtových pravidel. Poskytovatel není oprávněn označit tyto povinnosti v rozhodnutí o poskytnutí institucionální podpory za povinnosti, jejichž nedodržení není neoprávněným použitím institucionální podpory.

(3) Výše institucionální podpory se odvíjí od závěrů hodnocení výzkumné organizace. Poskytovatel může přihlédnout při stanovení výše institucionální podpory i k jiným podkladům a skutečnostem. Své rozhodnutí podle věty druhé musí odůvodnit a na vyžádání předložit Radě pro výzkum, vývoj, inovace a transfer znalostí.

(4) Rozhodnutí o poskytnutí institucionální podpory pracovištím Akademie věd České republiky je prvním úkonem poskytovatele v řízení. Ustanovení § 14j až 14l rozpočtových pravidel se nepoužijí.

(5) Kromě důvodů stanovených v rozpočtových pravidlech může poskytovatel zahájit řízení o odnětí institucionální podpory, pokud není naplňována koncepce výzkumné organizace. Ustanovení § 15 odst. 5 rozpočtových pravidel se v takovém případě nepoužije.