b) sekvenční analýzu nukleotidů klonovaného genu a kontrolu styčných oblastí vektoru exprese. Klonované sekvence se omezí na minimum a všechny důležité exprimované sekvence se jasně identifikují a ověří na úrovni RNK.
Sekvence DNK klonovaného genu se běžně ověří na úrovni výchozí kultury až po a případně i nad normální hranici populačního dvojnásobku pro celou stupnici fermentace. V některých systémech, kde např. je mnoho kopií genu vloženo do genomu kontinuální buněčné linie, není vhodné provádět sekvenci klonovaného genu na úrovni výroby. V těchto případech může pomoci "Southern blo" analýza celkové buněčné DNK nebo sekvenční analýza mediátorové RNK (mRNK). Zvláště je nutné věnovat pozornost charakterizaci exprimované bílkoviny,