(1) Kontrolní metody, kontrolní postupy a vzájemné vztahy kontrolních orgánů a kontrolovaných organizačních složek při provádění kontroly se řídí zvláštními právními předpisy,^65a) které upravují finanční kontrolu a její výkon, a pravidly obsaženými ve vnitřních předpisech vydaných kontrolními orgány.

(2) Kontrolní orgány oznamují zjištěné nedostatky Ministerstvu financí.

(3) Kontrolní orgány spolupracují s orgány činnými v trestním řízení a dalšími příslušnými orgány při zjišťování a prokazování případů porušení povinností při hospodaření s majetkem a plní oznamovací povinnost podle zvláštních právních předpisů.⁶⁷)

(4) Ministerstvo financí může z vlastního podnětu anebo na návrh jiného kontrolního orgánu v závažných případech nedostatků při hospodaření s určitým majetkem svým opatřením (§ 20) tento majetek organizační složce bez náhrady odejmout a určit jinou organizační složku příslušnou s majetkem hospodařit (§ 9).

(5) Ustanovení odstavce 4 se nevztahuje na majetek, s nímž jsou příslušné hospodařit Ústavní soud, soudy, Nejvyšší kontrolní úřad, Kancelář prezidenta republiky, Kancelář Poslanecké sněmovny, Kancelář Senátu a Kancelář Veřejného ochránce práv.