1.2. Reakční směs PCR
| Činidlo | Množství na reakci | Konečná koncentrace |
|---|---|---|
| Sterilní voda (UPW) | 15,725 µl | |
| 10× PCR pufr (1) (15 mM MgCl2) | 2,5 µl | 1×(1,5 mM MgCl2) |
| BSA (frakce V) (10 %) | 0,25 µl | 0,1 % |
| Směs d-nTP (20 mM) | 0,125 µl | 0,1 mM |
| Primer PSA-1 (10 µM) | 0,5 µl | 0,2 µM |
| Primer PSA-R (10 µM) | 0,5 µl | 0,2 µM |
| Primer NS-7-F(10 µM) (2) | 0,1 µl | 0,04 µM |
| Primer NS-8-R (10 µM) (2) | 0,1 µl | 0,04 µM |
| Taq polymeráza (5 U/µl) (1) | 0,2 µl | 1,0 U |
| Vzorkové množství | 5,0 µl | |
| Celkový objem | 25,0 µl |
(1) Metody byly validovány za použití Taq polymerázy Perkin Elmer (AmpliTaq nebo Gold) a Gibco BRL.
(2) Koncentrace primerů NS-7 F a NS-8-R byla optimalizována pro extrakci pupkové části bramboru za použití homogenizační metody a purifikace DNA podle Pastrika (2000) (viz oddíl 6.1 písm. a) a 6.2). Při použití extrakce třepáním nebo jinými metodami izolace DNA je nutná nová optimalizace koncentrací činidla.